No cerne da Blackguards 2 está o conflito entre Cassia – que inicia uma campanha militar contra o tirano Marwan. Marwan governa o país com um punho de ferro do seu trono na cidade de Mengbilla. O objectivo final das muitas batalhas do jogo por turnos é conquistar o máximo de território possível e libertá-lo da influência de Marwan, para que Cassia possa reclamar o Trono de Tubarões de Mengbilla ela própria.